Грамотно ли я составила подпись? Как с запятыми?
Have you received my letter?
Press please "Yes"!

не нужно писать "в лоб". Обычно пишут: Please confirm (the) receipt of my correspondence/mail/email.
Откуда кнопка YES? Это диалог в режиме он-лайн? Тогда уже без знаков препинания: Please press YES. А я бы уточнила Please press YES to confirm the receipt of my/our email/letter/correspondence.

Спасибо! Вот так годится?
Please press "Yes"
to confirm the receipt of my email.
The best regards.

YES можно без кавычек, просто напишите заглавными буквами. With не надо, а то калька с немецкого или русского получится. А концовку просто:
Kind regards,
Имя фамилия