Собственно ранее тема у клиентуры не возникал и мы делали замеры окон уже по готовым проемам. Но возник вопрос может ли клиент изменить самостоятельно размер проема при новострое? И проверяет ли бауамт этот вопрос по окончании строительства.

скорее не проверяет, если это не кардинальное изменение, то пусть меняет
конечно, если он вместо двух больших окон решил сделать одно небольшое, то возможно, что после этого помещение перестанет быть "Aufethaltsraum", это надо проверять.
Когда изменения небольшие, то и фиг с ним