ФА сам снимает или сам возмещает НДС, у них моя доверенность.

Не..., ну...., то шо ФА сам снимает и возмещает НДС это одно, а то как вы это всё через вашу бухгалтерию проводите, это другое.Меня интересует, какую проводку вы делаете если ФА снимает или возмещает вам НДС.

Noch an die Finanzkasse zu entrichten - Abschlusszahlung / Erstattungsanspruch -
109 Noch an die Finanzkasse zu entrichten -50.000,00

А вот это уже интерсесней. У вас на 01.01.2018 на счету 1790 должна быть сделана следующая проводка:

H 1790 = 47.500,00 Umsatzsteuer Vorjahr
S 9000 = 47.500,00 Saldenvorträge Sachkonto

При возврате НДС за 12/2017 2.500,- и оплате НДС за 2017 50.000,00 в 2018 у вас это конто будет закрыто.

Меня настораживает, а правильно ли вы заполнили годовую декларацию 2017 если у вас в графе

"Vorauszahlungssoll (einschließlich Sondervorauszahlung)".

Vorauszahlungssoll 2017 (einschließlich Sondervorauszahlung) 0,00

и в графе

Noch an die Finanzkasse zu entrichten - Abschlusszahlung / Erstattungsanspruch -
109 Noch an die Finanzkasse zu entrichten -50.000,00

50.000.- с минусом?

Обычно с минусом только возврат НДС.