Я на всякий случай переведу (перевод приблизительный) - иностранные имена записываются латиницей по переводу с применением ИЗО-норм. Если латинское написание имени приведено в официальном документе (например загранпаспорт), то применяется не ИЗО-норма а это написание.
Обычно на практике для граждан Украины результат такой - написание фамилии и имени берётся из загранпаспорта (поскольку это официальный документ с латинским написанием), а отчество берётся из ИЗО-перевода СОР.

Во-первых, если у Вас не было украинского загранпаспорта с новым написанием, то Штандесамт взял всё из ИЗО-перевода. (т.е. всё ОК. Однако если такой паспорт был, то Штандесамт ошибся).
Во-вторых, то что у Вас имя и отчество записали как двойное имя, мне кажется выходящим за рамки как закона так и логики. (здесь Штандесамт скорее всего ошибся, я о таком слышу первый раз).
В третьих, куда делись штришки над і? Срочно требуйте их назад