Будучи в посольстве подал на проверку секретарю анкету на Reisepass заполненную на моего ребенка.
Девушка секретарь (работник посольства) после проверке анкеты сказала, что фамилию ребенка (девочки) не надо склонять, а писать нужно в мужском роде. Получается, что дочь у меня будет Емельянов, а не Емельянова?
Немцы с русскими фамилиями откликнитесь пожалуйста, как правильно заполнить, неужели это так?

Привыкайте всегда в таких случаях просить ПИСЬМЕННЫЙ ответ.

Что касается фамилии ребенка, то в подобных случаях ( когда хотя бы у одного родителя есть иностранное гражданство - а оно точно есть у матери ребенка // у вас два. В этом случае, вполне вероятно, вас могут считать вас только гражданином Германии//) у родителей есть право выбрать фамилию ребенка-немецкого гражданина ( Namensführung) nach ausländischem Recht.

То есть, по закону страны гражданства матери ребенка.

И это право в подобных случаях есть для каждого отдельного ребенка ( а не как в немецком праве: выбрали для одного и это действует для всех последующих).

Консульство об этом знает.

И у них есть соответствующие бланки Namenserklärung.

https://foren.germany.ru/legal/f/24497104.html#Post2449710...

То есть, вы имеете право своим детям женского пола оставить фамилиии в женском роде, а детям мужского рода - в мужском.

Обязательно ли нужно такмделать - решать вам. Как минимум потом, при заключении вашими детьми браков и рождении ими детей, эта "стройная система" может нарушиться.