Скорее всего, что корешки повреждены все-таки были (питается растение только кончиками корней, 3-5мм, а расположены они как правило по краям земляного кома, у самых стенок горшка) Растение было пересажено и еще, небойсь, поливалось зимой, вот корешки и сгнили окончательною Весной у дерева зватило запасов в древесине чтобы выпустить молодые листочки и на этом все.
Второй вариант: в земле сидит вредитель, который обглодал корешки или кору на прикорневом участке ствола.
Третий вариант: земля неподходящая, и корневая шейка(участочек ствола перед корнем на уровне земли) подгнила или заболела, поэтому сок не смог циркулировать. Как вариант - они могла быть повреждена еще при пересадке. Или закопана сильно в нову землю (не знаю, как к этому относится гингко, а кофе не терпит такого обращения и сохнет, на личном опыте убедилась)
Судя по фото, пациент скорее мертв, чем жив. Можно раскопать, посмотреть что с корнями и началом стволика... Если еще есть надежда на живое (побеги еще до какой-то высоты живы или при корне есть живой участочек), то можно попытаться выходить