как надо писать в научных текстах например: реакция была выполнена с тем то и тем то, следующие действия были сделаны и тд и тп.
were performed, was done, ???

Я бы написала именно так

я читала, что в научных текстах часто пассив употребляется, а времена так и остаются, как в обычной письменной речи

да, имено в пасиве все описывается. Зайдите на сайт где статьи и просто взгляните как на образец.
Найти можно например в http://www.pubmed.com