luca_, зеленый ободок скорей всего это они самые и есть. Через прозрачный горшок не всегда хорошо видать, много их уже внутри или нет. Но ... неприятный запах от корней и субстрата - это 99% водоросли. Они всякие бывают, иногда как мох растут, итогда просто как зеленый налет, иногда тину болотную напоминают. Бррр... 
Самое эффективное - это пересадка.
Надо из старого горшка вытряхнуть, корни хорошо теплой водичкой (не более 45 ╟C) промыть, 2-3 часа подсушить, а потом в новый субстрат посадить. Если горшок будете брать тот же самый, то его надо хорошо промыть. 
Самое лучшее для "дезинфекции" горшков - средства для мытья туалетов. 
Прямо налить внутрь, подержать минут 15 и смыть. 
Еще хорошо после пересадки полить Physan. Проблем с водорослями после этого точно не должно быть! 
http://www.orchidee.ru/