Близжайщий к Айзенах крупный город Эрфурт (Около 70 км по автотрассе)
До Эрфурта из Минска курсируют автобусы (чуть более суток в пути), сравнивая с самолетом конечно по времени уступают, но прикинув риск полёта, плюс, что в аэропорту нужно быть за 2 часа до вылета, плюс, что до аэропорта нужно ещё доехать, также и по прибытию время на получения багажа и добраться до жд или автовокзала. Я бы выбрал автобус.
Из Минска автобусов на Эрфурт немало.
http://www.maier-reisen24.de/deu/bus.php -89 евро
http://avtobus.de/?r=info/route&start_city=51&finish_city=27&lid=de
http://ecolines.net/de
На поезде 15 евро до Айзенаха на интерсити, полчаса в пути.
http://www.bahn.de/p/view/index.shtml
Можно и на автобусе, https://www.berlinlinienbus.de/bus-berlin-jena-erfurt-eisenach, но, думаю, это сложнее.
До Марбурга самолеты не летают, близжайший аэропорт Франкфурт на Майне.
Аэропорт Франкфурт Хан-это не тоже самое, что аэропорт Франкфурт на Майне.
Бюджетный аэропорт Франкфурт Хан находится находится в 125 км от Франкфурта.
Я уже упоминал об этом. http://marburg-ru.ucoz.de/index/transport/0-4
Прямых поездов или автобусов с Минска или с Вильнюса я не нашел.