Вот так работают с PyMOL, это мои скриншоты, белок 1sgf роста нейронов, из-за мутации которого помойму умственная отсталость, но это не точно:

Вот код:

#Выделяем Chain A, и называем chA
cmd.select("chA", "Chain A") 
#настраиваем свой цвет серый/seryi
cmd.set_color("seryi", [0.168, 0.168, 0.168]) 
#красим серым цветом то что выделили, т.е. chA
cmd.color("seryi", "chA") 
#получаем координаты атомов из того что выделии, т.е. из chA 
print(cmd.get_coords("chA")) 
#типа foreach, получаем имя атомов, из того что выделили, т.е. из chA

Вот код:

#Красим всё в синий цвет
cmd.color("blue", "all")
#Меняем представления
cmd.show("surface", "all")

Результат (моя картинка, я её автор):

Вот код:

#Меняем вид на surface
show surface
#Красим всё в серый цвет
color gray

#Выбераем Chain A 
select chA, Chain A
#Выбераем Chain B
select chB, Chain B
#Выбераем Chain C
select ChC, Chain C
#Выбераем Chain D
select chD, Chain D

#Красим Chain A в красный
color red, chA
#Красим Chain B в синий
color blue, chB
#Красим Chain C в зелёный
color green, chC
#Красим Chain D в жёлтый
color yellow, chD