Человеку, желающему получить правильную юридическую, медицинскую или налоговую консультацию, следует понимать, что неполнота предоставленной консультанту исходной информации может привести к получению неправльных ответов и соответственно тяжелым последствиям. Для кармана и для здоровья. Задачу надо не упрощать - этим вы просто собьете с толку того, кто искренне хочет вам помочь, а ставить четко, однозначно и полностью задавать начальные условия.

Да, если договор по российскому законодательству является договором подряда (гражданско-правовой договор). Однако ваша следующая реплика:

позволяет в этом ооочень сомневаться Удержания налогов и отчислений в социальные фонды являются признаками несамостоятельной трудовой деятельности.
Мотивы вашего заказчика, побудившие его разделить оплату ващего труда на зарплату и псевдогонорар, сохранив в последнем все признаки зарплаты, без знания русского законодательства остаются неясными, но они и не важны. Важно то, что для немецкого налогообложения существенным является место получения дохода. А для этого есть четкое разделение: при работе по найму на иностранного работодателя доходы являются иностранными, (если только вы не оформлены на работу в самостоятельный филиал этого работодателя, зарегистрированный по германскому праву на территории Германии), а при получении гонораров и прочих доходов от самостоятельной деятельности - внутригерманскими вне зависимости от местонахождения заказчика.
В этом смысле на мой непросвещенный взгляд вам выгоднее считать свои доходы заработками по найму, и вы можете это сделать, ибо все признаки налицо.