Сначала нужно обменять внутренний папорт. Это делается в паспортном столе по месту прописки, срок - в среднем неделя, но теоретически можно упросить и побыстрее.
(Если брак регистрировался не в России - не забыть, что нужно интернациональное свидетельство о браке, на который поставить апостиль по месту выдачи, а уже в РФ сделать нотариально заверенный перевод на русский.)
Только после этого обменивается загранпаспорт местном в овире, тоже по месту прописки.
Совет: если планируется в будущем выписка из РФ и постановка в Германии на консульский учет, то лучше в овире сразу при обмене указать, что загранпаспорт нужен для проживания за границей, тогда в нем шлепнут соответствующий штамп. Но, правда, в этом случае обмен паспорта точно месяц продлится.

В Петербурге точно требуют сначала полный обмен всех паспортов на новую фамилию, а потом уже только принимают документы на воссоединение. В Москве, судя по форуму, возможно сначала подать документы, и пока они рассматриваются, параллельно заниматься обменом паспортов. Лучше уточнить в консульстве.