Золотая середина.

Я тоже всегда эмоциаонально и по принципу "пусть мне же будет хуже, но я за справедливость" либо не вмешиваюсь, потому что противно. Имхо, нам надо всеми силами стараться оставаться на прагматическом уровне.
Если ты заранее знаешь, что открытая конфронтация ничего кроме потери времени и нервов не принесет, надо искать другие пути. Если тема разбирательства - конкретный факт, то можно письменно в документе изложить факты и свою точку зрения. Потом подумать, кому это можно послать/показать, если некому - просто сохранить для архива. Многие темы постоянно всплывают по-новой, и тогда хотя бы не будешь запинаться и пытаться вспомнить детали. Я раньше не любила бюрократию, а теперь часто говорю: "я не готова сейчас обсуждать эту тему спонтанно, месяц назад я обдумала все аспекты и изложила их в документе Х, могу его достать, и мы все обсудим".
Если же корень конфликта - личностные качества начальницы, то тут я пас, я с людьми не умею