У нас обед вычитается автоматически, если больше 6 часов. Просто в программе сняли 45 мин,

а почему у вас так?

ведь ра.день от 6 часов до 9 - пауза 30 мин.

это ведь если больше, чем 9 часов раб.день тогда 45 мин пауза.

из Тр.Закона выдержка.

Pausenzeiten müssen sein
Beträgt die tägliche Arbeitszeit zwischen 6 und 9 Stunden haben Arbeitnehmer einen Anspruch auf 30 Minuten Arbeitspause.
Wer mehr als 9 Stunden arbeitet, kann für mindestens 45 Minuten pausieren.
Arbeitnehmer, die weniger als 6 Stunden am Tag arbeiten, haben keinen Anspruch auf eine gesetzlich geregelte Pause.
Arbeitspausen müssen nicht unbedingt am Stück von Arbeitnehmern wahrgenommen werden. Stimmt der Betriebsrat zu, können sie auch in kleinere Pausen über den Arbeitstag verteilt werden.
Dabei ist jedoch zu beachten, dass Arbeitsunterbrechungen von weniger als 15 Minuten nicht als Pause, sondern als reguläre Arbeitszeit gelten.
Verzichten Arbeitnehmer freiwillig auf ihre Pausen, so dürfen diese dennoch nicht als bezahlte Arbeitszeit gerechnet werden.Werden diese Regelungen nicht beachtet, können diese unter anderem mit hohen Bußgeldern geahndet werden.
Diese liegen im Straffall bundesweit bei 50 Euro bis mehrere Tausend Euro.