Я поняла, что решение уже принято, что такой вариант неприемлим, тогда из «просто отказаться или пояснить почему» я бы выбрала поговорить и пояснить.

Меня бы больше напрягло, что в изначальном договоре зарплату указали меньше обговоренной. С другой стороны, исправили, значит готовы идти в зарплате навстречу скорее, чем просто взять другого, и возможно есть и еще Spielraum, может и еще раз поправят, если принципиально (может, потом когда-то повышение зажмут). Если бы годовую премию в общем брутто учли, было бы странно, а отпускные и рождественские (если обязательные, а не на усмотрение компании), на мой взгляд, вполне (тем более когда цифра как общая желаемая годовая без конкретных деталей в разговоре прозвучала). А обговаривалось до этого хотя бы, что 12 зарплат, в курсе был этот человек? Ведь могло бы получиться, что и 13+, тогда ежемес был был еще ниже.

Если бы все еще были сомнения, соглашаться или нет, то я бы как уже выше написали, на др факторы смотрела.