Ну если причина ясна, нужно и причину устранить (добиться нормальной фильтрации), и последствия (рыб лечить). Кстати, уголь собирает не только вредные вещества но и лекарства. Так что, при лечении его лучше заменить на поролон или специальную вату.
Лично я сторонник наружных (канистровых) фильтров. Стоят подороже, но эффективность на порядок выше. У меня у черепах (100л, воды около 40л) стоял внутренний, вода через 2-3 дня мутнела, а до конца недели прилично воняла, приходилось почти всю менять, хотя внутренний по производительности был в 2 раза мощнее положеного. Сейчас стоит Ехайм 2013(антиквариат), вода - зеркало и подмениваю 1/3 часть раз в неделю а то и в две и внутренности фильтра прополаскиваю раз в месяц. Аквариум с рыбками (110л) сразу поставил наружный, заселил бактериями и уже почти год никаких проблем, (кроме как с перенаселением) тоже раз в месяц мою. У знакомых та же проблема была (вода мутная, рыбы не болели, но регулярно по очереди уходили в мир иной) неделю назад влез со своими 5-ю копейками насчет наружного. Правда я немножко схитрил, наполнитель насыпал половину новый, а половину со своего работающего, чтобы не заморачиваться с запуском. Пока только знаю, что вода стала прозрачной, а об остальном можно будет судить через пару месяцев.
Хотя мое мнение, как и многих других в инете, чем больше аквариум, тем легче в нем поддерживать равновесие... 60 литров и менее - это уже для профи.