бактерии там сами заводятся. губка со временем станет коричневая и на ней появится слизь - это и есть нужны бактерии.. не понятно - что завоняется? губка? а почему, если через нее течет всё время вода?
я бы поставил перед этой мелкой губкой полее крупную, чтобы та грубую муть отфилътровывала и время от времени ее в воде теплой промывать, не трогая основную губку, выполняющую биологическую очистку воды.
и ты ту губку не мой под холодной или горячей водой из под крана и сильно руками не жмакай - ты так всех тех бактерий каждый раз, промывая и убиваешь - поэтому у тебя фильтр каждый раз запускается по новому.. ты старой воды из аквариума в ведро набери при замене и там губку эту осторожненько и промывай, аккуратненько пару раз несильно сжав.
что это за фильтр то вообще? самодельный?
я бы тебе посоветовал гамбургский матовый фильтр - очень эффективная штука http://www.deters-ing.de/Filtertechnik/Mattenfilter.htm. та же самая губка просто закрепяется в углу аквариума в шинах, которые в любом баумаркте продаются и силиконом изнутри приклеиваюся. никогда не меняется и не выжимается - стоит себе так много лет и всё. очень дешевая, но эффективная конструкция. нужно только рассчитать размер синей губки чтобы скорость воды через нее лежала в определенных пределах. то-же самое в принципе действует и для твоего филътра - бактерии эффективно чистят воду только когда та с определенной скоростью мимо них течет.