Kaiser Otto II. brachte die Gebeine des Heiligen Bartholomäus 983 nach Rom, wo sie heute in San Bartolomeo all'Isola aufbewahrt werden. Die Hirnschale kam im 13. Jahrhundert (ca. 1215) nach Frankfurt am Main in den Kaiserdom St. Bartholomäus.
Bartholomäus gilt als Patron der Städte Altenburg, Frankfurt am Main, Pilsen, Maastricht, Kettig, Wiehe, Görwihl, Büchenau. Götzingen.
Die wertvollste Reliquie des Frankfurter Doms ist die Schädeldecke des Apostels Bartholomäus, der seit 1239 Patron der Kirche ist.
Bartholomäus, der in den synoptischen Evangelien von Matthäus, Markus und Lukas als einer der zwölf Apostel Christi genannt wird, ist wohl identisch mit Nathanael aus Kana in Galiläa, dessen Bekehrung im Johannesevangelium geschildert wird. Dieser Nathanael wurde Sohn (hebr.: bar) des Tholmai, also Bar-Tholmai (Bartholomäus) genannt.
Nach der Legende wirkte Bartholomäus nach Jesu Tod als Apostel zur Missionierung in Indien und Armenien. Er heilte Kranke, wie etwa die └von einem bösen Geist besessene⌠ Tochter des armenischen Königs Polymios. Dieser bekehrte sich angesichts des Wunders zum Christentum und ließ sich von Bartholomäus taufen, └mit ihm seine Frau, seine Kinder und alles Volk⌠. Heidnische Tempel wurden zerstört. Heidnische Priester wandten sich deshalb an den Bruder des Königs, Astyages. Dieser ließ Bartholomäus gefangennehmen und, weil er seinen Bruder vom Glauben seiner Ahnen abgebracht hatte, auf grausamste Weise hinrichten: dem Apostel wurde bei lebendigem Leibe die Haut abgezogen und dann der Kopf abgeschlagen.
Die barbarische Hinrichtungsart des Schindens fand durch Bartholomäus in die europäische Kunstgeschichte Eingang: der Apostel wird mit seiner eigenen, wie ein nicht benutztes Kleidungsstück locker über dem Unterarm hängenden, Haut dargestellt.
Die Bartholomäusreliquien gelangten von Armenien über die Liparischen Inseln nach Benevent und von dort durch Kaiser Otto III. nach Rom, ins neue Bartholomäuskloster auf der Tiberinsel (San Bartolomeo all▓ Isola). Otto wollte das Apostelgebein später mit dem Schiff nach Deutschland bringen, starb aber vor der Verwirklichung dieser Idee, und die Reliquien blieben in Rom.
Im Jahr 1166 begleiteten Gottfried, der Propst des Frankfurter Stifts, und sein Herr, der neue Mainzer Erzbischof Christian I., Kaiser Friedrich I. auf einem seiner zahlreichen Italienzüge. In einer Urkunde Friedrichs zur Bestätigung der Übertragung der Bartholomäusreliquien nach Rom trat Gottfried als Zeuge auf. Möglicherweise erbat er bei dieser Gelegenheit von Friedrich den Schädel des Apostels für sein Frankfurter Stift. Man war nicht in friedlicher Absicht nach Italien gekommen, und der Diebstahl von Reliquien aus unterworfenen italienischen Städten war durchaus üblich. So nahm sich z. B. nur kurz zuvor der Kölner Erzbischof Rainald von Dassel, ebenfalls in Begleitung Friedrichs I., im zerstörten Mailand die kompletten Überreste der Heiligen Drei Könige mit, um sie nach Köln zu bringen, wo sie heute noch im Dreikönigenschrein liegen.
Wenn nicht auf diese Weise, so muss doch die Übertragung der Bartholomäusreliquien nach Frankfurt trotzdem weit vor 1215 stattgefunden haben. Aus diesem Jahr stammt die älteste die Bartholomäusverehrung erwähnende Urkunde. Deren Siegel zeigt den Apostel, ist aber offenbar weit älter als die Urkunde.