Н. С. Щербатов был уверен, что из нижней задней палаты должен существовать лаз в тайник, идущий внутри кремлевской стены к Угловой Арсенальной башне. Он начал расчищать палаты, заваленные мусором и землей. Земля подымалась в бадьях, пересыпалась в мешки и выносилась в Александровский сад. Тогда в одной из палат нашли две человеческие кости со следами ударов острым орудием, обломок меча, осколки изразцов и пр. Интересная находка ожидала археологов в передней нижней палате. ╚Еще при первых осмотрах палаты, после открытия ее, исследователями было обращено внимание на имеющуюся небольшую брешь в стене, обращенной к Кремлю. С выемкой земли около стены размеры бреши продолжали увеличиваться, и в настоящее время оказывается, что она пробита внутрь не особенно глубоко, по стене же идет аршинов на 5 в ширину; что же касается протяжения ее вниз по стене, то это может выясниться только при окончательной очистке стены от земли до пола; теперь же протяжение бреши сверху вниз равняется приблизительно 2 аршинам. Зачем пробивалась брешь в стене - трудно сказать. А для разных предположений здесь открывается широкое поле. Может быть, в старину производились исследования кремлевских тайников, как это делается теперь╩, - сообщала газета ╚Московские ведомости╩.
Не успели рабочие расчистить палаты на половину высоты, как вмешался архитектор М. Н. Литвинов, наблюдавший за работами. Он нашел своды нижних палат весьма поврежденными и запретил раскопки в них.
К рассказу о Троицкой башне надо добавить следующее. В фонде И. Е. Бондаренко, находящемся в РГАЛИ, есть документ, где упоминается о том, что после обстрела Кремля в 1918 году архитектор дворцового управления Н. В. Марковников, обеспокоенный судьбой памятников зодчества, пробрался тайно в Кремль по особому проходу под Троицкими воротами. Вероятно, Марковников воспользовался галереей, устроенной Н. С. Щербатовым в 1894 году. По ней он прошел в палаты под Троицкой башней, а затем по внутристенной лестнице поднялся в Кремль.
О тайниках Комендантской и Оружейной башен, как и об устройстве их подземных частей, сведений не найдено. А вот о подземельях Боровицкой башни можно рассказать немало. Эту башню вместе с двумя отводными стрельницами построил Пьетро Солари в 1490 году. ╚Нижний массив Боровицкой башни состоит из помещения с готическим сводом, занятого подвалом, часовней и церковью. Толща восточной и северной стен прорезана лестницами и коридорами. В юго-восточном углу башни проделана каменная винтовая лестница для прохода на 5-й этаж. [...] В верхушку башни ведет очень узкая каменная лесенка, проделанная в толще стен╩,- писал С. П. Бартенев.
Под сохранившейся отводной стрельницей Боровицкой башни существует подземелье, в которое в 1866 году при прокладке газовых труб было засыпано землей по причине провала свода. Из башни входа в это подземелье не было. Щербатов, заложив траншею со стороны Александровского сада, наткнулся на кирпичную стену, пробил ее и попал в тоннель, идущий под Боровицкими воротами. Из тоннеля шел узкий проход, через который археологи проникли в высокую (около 11 метров) и длинную (почти 8 метров) палату. расположенную под правым выступом Боровицкой башни. В прошлом эта палата имела три этажа, в самом ее верху виднелись заложенные окна-амбразуры. Помещение на 3 метра заполняла земля, на расчистку ее ушло три недели. Все это время археологи искали вход в найденную палату со стороны Кремля. Поиски увенчались успехом. Вот что писала об этом газета ╚Московские ведомости╩: ╚В Боровицкой башне имеется часовня, которая помещается в центре со стороны Императорской площади. Вход в церковь Иоанна Предтечи идет чрез часовню и поднимается по лестнице выше. Перед часовней устроен шатер на каменных столбах. Влево от входа в часовню находится дверь, скрывающая также вход в церковь, выходящий в алтарь ее. Здесь, под круглой лестницей, поднимающейся вверх, находится углубление аршина в два высотой. Вот из этого углубления стали сегодня пробивать стену вправо. Работа оказалась не напрасной, так как скоро удалось пробить кирпичи и обнаружить пустоту. Последняя составляла проход, идущий в стене к проезду и скоро поворачивающий под прямым углом налево, по направлению к открытой палате, и направо, по направлению к Императорской площади, где он заканчивается под ступеньками, ведущими в часовню... Теперь несомненно, что ход из палаты существовал прямо на Императорскую площадь и впоследствии, с устройством часовни, был заделан╩.
С целью поисков прохода под левую сторону Боровицкой башни Щербатов начинает раскопки в тоннеле, под проездом ворот. Вначале откопали замурованный ход шириной 0,7 метра. На расстоянии 1,5 метра его перегораживала решетка из толстых железных прутьев, за нею ход становился уже. Расчищать его от земли не стали. Посчитав, что этот ход идет к Неглинной, археолог произвел раскопки у подножия Боровицкой башни со стороны Александровского сада, где обнаружил на глубине приблизительно 1,5 метра небольшое отверстие в стене башни. Оно выходило в тот самый, засыпанный землей, короткий ход. Видимо, это был так называемый ╚подошвенный бой╩, позволявший держать под обстрелом пространство вблизи Боровицкой башни.