Прошло три дня, а найденное сооружение все еще не было расчищено. Из-за сложности работ Дворцовая контора была вынуждена пригласить саперов из Петербурга. А тем временем к месту раскопа началось настоящее паломничество. Старожилы-москвичи рассказывали, что двадцать пять лет тому назад здесь уже случался провал, на который не обратили внимания. У всех на устах были предания, связанные с подземными ходами и тайными палатами Кремля. "Остается несомненным, что под Кремлем древних галерей, пещер и подвалов немало. Есть даже, по молве, несколько известных подземных галерей, конечные выходы и двери которых должны будто бы находиться на набережной Москвы-реки, около стены Кремля, в спуске горы... Предполагается, что это подземелье составляет часть, или отвод, от других тайных подземных ходов, которые направлялись к Тайницкой башне..." - писали газеты.
15 мая к работам в загадочном подземелье приступили саперы, прибывшие из Петербурга "для лучшего обследования подземного подвала в Кремле и его закладки...". Это газетное сообщение о раскопках было последним. Судя по быстрой засыпке провала, никакой дальнейшей расчистки "трубы" и исследований ее не последовало. Очевидно, Дворцовая контора сочла это мероприятие весьма дорогостоящим.
По сей день остается неясным, что же представляло собой это подземное сооружение: гигантский тоннель или погреб? С восточной стороны его перерезала стена дома Чудова монастыря, построенного позже XVI века. С западной стороны поперечная стена также не была обнаружена, то есть сооружение уходило по направлению к Троицким воротам. В газетных публикациях говорилось о настиле из толстых досок, однако не указывалось, прикрывал ли он свод полностью или же только в месте провала. Располагайся настил там, где был провал, это означало бы, что его сделали при прокладке водопроводной трубы в середине XIX века или при провале, случившемся ранее 1882 года. Если же настил тянулся над всем сводом, значит, он был устроен зодчими, пытавшимися обезопасить свод от повреждения. Следовательно, подземное сооружение находилось вне зданий (под двором, улицей и пр.). Из-за спешной засыпки подземелья-галереи не удалось установить, какой постройке принадлежала стена, примыкавшая к его северной стороне.
В 1911 году старослужащий Кремля рассказал И. Я. Стеллецкому забытое предание о бегстве Бориса Годунова по подземному ходу куда-то в Охотный ряд. Случилось это якобы в 1586 году, когда москвичи, настроенные боярами Шуйскими против Бориса, ворвались в Кремль и потребовали его выдачи. У Забелина в "Истории города Москвы" Стеллецкий отыскал упоминание о том, что Годунов, перебравшись в царский дворец, "оставил свой двор пустым, не отдавая его никому, не находя достойного жить в нем". Археолог попытался связать это решение Годунова с подземными тайнами его двора и высказал версию: "труба", обнаруженная провалом, была ходом для бегства.
Существование тайника из палат Бориса Годунова вполне допустимо, но имело ли смысл строить тайный ход подобных размеров? А может быть, назначение "трубы" не было столь загадочно, как чудилось многим? Описывая Цареборисов двор, тот же И. Е. Забелин отмечал: "На чертеже Годунова показаны два громадных высоких здания в несколько ярусов вышиною". Такие хоромы, без сомнения, имели и внушительные (возможно, двухэтажные) подземелья, служившие для хранения продовольствия, вина, угля и т. п. В какое-то время эти кладовые стали тесны, и Годунов устроил новые погреба под стать уже имеющимся, но разместил их под двором. В XVII столетии за счет государевых и боярских пожертвований территория Чудова монастыря расширилась. Тогда ему могли отойти и какие-то владения Годунова вместе с частью "трубы", которую отгородили стеной. Для каких нужд пригодилась монахам "груба" - неизвестно. А вот подземелья Цареборисова двора продолжали использовать в хозяйственных целях и его последующие владельцы. В 1626 году, например, тут располагались патриаршие капустные погреба.
В правление Ивана Грозного место по горе от Архангельского собора к Спасским воротам занимали приказы (Посольский, Поместный, Разбойный и др.). В 1675 году на их основе возвели здания новых приказов, по площади вдвое больше старых. Они были разобраны в 1770 году, когда в Кремле собрались строить дворец по проекту Баженова. Где-то в подземельях этих приказов имелась потайная комната с сокровищами царя Алексея Михайловича, показанная Петру I боярином И. Б. Прозоровским. По сообщениям московских газет, в 1894 году при закладке памятника императору Александру II раскопали обширные погреба приказов и старинный подземный ход. Думается, за подземный ход была принята "труба" (сточный канал), открытая И. Е. Забелиным. Последний на основании архивных источников и данных археологических раскопок установил, что в XIV столетии вдоль восточной стены Кремля проходил ров, превратившийся двести лет спустя в "трубу", по которой в Москву-реку выводились сточные и дождевые воды. "Труба", как уже говорилось, брала начало на дворе боярина Ф. И. Мстиславского (тот прилегал к северной стороне приказов XVII века) и выходила за пределы Кремля где-то между Второй Безымянной и Петровской башнями. В Описи 1667 года о ней говорилось: "Да от той Свирловы башни на прясле в стене церковная служба Петра Митрополита и подле службы в кружале, внизу зачата делать труба, воде спуск, и та труба не доделана. И в том проломе людям проход".
И. Е. Забелин относит сооружение "трубы" к XVII веку, так как первое упоминание о ней найдено в Описи 1667 года. Однако более вероятно, что эта, да и другие сточные "трубы" были построены итальянцами в конце XV - начале XVI века. В противном случае дождевые, талые и иные воды скапливались бы в низинах у стен Кремля, подтачивая и разрушая их. Во второй половине XVII века производился ремонт сточных каналов. Известно, что в 1663 году "трубу", ведущую со двора Н. И. Одоевского (он находился у Средней Арсенальной башни) к реке Неглинной, было приказано устроить "новыми слуками (сводами.- Т. Б.) каменных дел подмастерью, чтобы из нее воды и грязи и вони и никакого дурна в Аптекарском саду не было". В 1683 году починке подлежала "проводная труба" с Сытного двора. Мастерам поручалось "каменные своды сделать вновь, потому что та труба завалилась, и землю из трубы вычистить[...]".