В январе 1779 Моцарт вновь приступил к исполнению обязанностей органиста при архиепископском дворе с годовым жалованьем в 500 гульденов. Церковная музыка, которую он обязан был сочинять для воскресных служб, по глубине и разнообразию гораздо выше того, что была написано им раньше в этом жанре. Особенно выделяются Коронационная месса и Missa solemnis до мажор (К. 337). Но Моцарт продолжал испытывать ненависть к Зальцбургу и к архиепископу, а потому с радостью принял предложение написать оперу для Мюнхена. Идоменей, царь Критский (Idomeneo, re di Creta) был поставлен при дворе курфюрста Карла Теодора (в Мюнхене находилась его зимняя резиденция) в январе 1781. Идоменей явился великолепным итогом опыта, приобретенного композитором в предшествующий период, главным образом в Париже и в Маннгейме. Особенно оригинально и драматургически выразительно хоровое письмо.
В то время зальцбургский архиепископ находился в Вене и приказал Моцарту немедленно отправиться в столицу. Здесь личный конфликт Моцарта и Коллоредо постепенно приобрел угрожающие масштабы, и после громкого публичного успеха Вольфганга в концерте, данном в пользу вдов и сирот венских музыкантов 3 апреля 1781, его дни на службе у архиепископа были сочтены. В мае он подал прошение об отставке, а 8 июня был выставлен за дверь.
Против воли отца Моцарт женился на Констанце Вебер, сестре своей первой возлюбленной, причем мать невесты ухитрилась добиться от Вольфганга весьма выгодных условий брачного контракта (к гневу и отчаянию Леопольда, который закидывал сына письмами, умоляя одуматься). Вольфганг и Констанца венчались в венском кафедральном соборе св. Стефана 4 августа 1782. И хотя Констанца была столь же беспомощна в денежных делах, как и ее муж, их брак, по-видимому, оказался счастливым.