При Аменхотепе IV (Эхнатоне) столицу временно перенесли в Амарну. Она была возвращена в Фивы его зятем Тутанхамоном, чья неразграбленная гробница была обнаружена в 1922 в Долине Царей. В гробнице Тутанхамона сохранилось все, включая царскую мумию в золотом саркофаге. Богатство этого захоронения помогает представить великолепие утраченных сокровищ из расположенных неподалеку более крупных и значительных царских гробниц.
С воцарением XXVI династии (Саисский период, 663 - 525 до н.э.) политический центр Египта вновь переместился на север, и древняя столица утратила свое политическое значение. Тем не менее Фивы оставались важным религиозным центром, а после завоевания Египта Александром Великим ненадолго вернули себе независимость. Ранние Птолемеи продолжали расширять и украшать храмы и даже строили новые, однако последнее фиванское восстание завершилось разрушением Фив примерно в 30 до н.э. Страбон (24 до н.э.) нашел на месте прежнего города лишь несколько отдельных поселений; со временем, по мере распространения христианства, храмы и гробницы превращались в церкви и монастыри и использовались для христианских богослужений.