Сама мечеть Калян пережила несколько этапов постройки, но дошедшее до нас здание восходит к 1514 году, когда в Средней Азии правили первые Шейбаниды. Ее называют еще ╚Джума мечеть╩ (╚Пятничная мечеть╩), и она является одной из самых грандиозных мечетей Средней Азии. Масштабами своими она почти не уступает соборной мечети в Герате, которая в XV веке перестраивалась по указанию великого узбекского поэта и мецената Алишера Навои. Мечеть Калян занимает большую площадь (180x130 м) и имеет традиционный двор, окруженный галереями.
Вокруг двора располагаются купольные галереи, где 288 куполов покоятся на мощных столбах, а внутри галерей царят полумрак и прохлада. Во время празднеств в бухарской мечети могли одновременно разместиться до 10000 человек.
В XVI-XVII веках Бухара вновь достигла своего былого расцвета, что сказалось и на ее архитектурном облике. Город был коренным образом перестроен, изменилась его планировка, появились ансамбли, которые и определили лицо города, сохранившееся до наших дней. Однако внутри стен старой Бухары всегда была страшная теснота, еще в X веке из-за антисанитарии, нечистот и зловония город называли ╚отхожим местом страны╩. Положение усугублялось еще и тем, что многочисленные кладбища, ранее находившиеся за городскими воротами, после возведения в XVI веке новых стен оказались в черте города.