Уитни утверждал, что ╚религиозная пресса Америки встретила сообщение в штыки... и выявила полное единодушие, утверждая, что череп является ничем иным, как "подлогом". Интересно, что речь о мошенничестве, как следует из слов Уитни, даже и не шла до тех пор, пока открытие не стало излюбленной темой многочисленных газетных публикаций.
Некоторые из историй о мошенничестве писались не журналистами, а такими учеными мужами, как Уильям X. Холмс из Смитсоновского института. Во время своей поездки в округ Калаверас Холмс собрал свидетельства некоторых людей, знавших г-на Скрибнера и д-ра Джонса. И по их рассказам выходило, что осмотренный Уитни череп на самом деле мог и не быть находкой, относящейся к третичной эпохе. Но проблема с версиями о подлоге одна - таких версий слишком много. По некоторым из них выходило, что верующие горняки специально заложили череп, чтобы ввести ученого Уитни в заблуждение. Другие утверждали, что горнорабочие подложили череп, чтобы разыграть одного из своих товарищей. Третьи же говорили, что настоящий череп был действительно найден Маттисоном, но Уитни получил и исследовал совершенно другой образец. В свою очередь четвертые утверждали, что друзья Маттисона из соседнего городка подсунули ему череп в шутку. Все эти противоречивые предположения безосновательны и вызывают большие сомнения в том, что мошенничество действительно имело место.
Вернувшись из округа Калаверас, Холмс обследовал известный череп в Пибодском музее в Кембридже (штат Массачусетс), где тот в то время находился. Он пришел к выводу, что "череп никогда не подвергался воздействию рек, которые текли в третичную эпоху, что он не происходил из древних гравиев шахты Маттисона и никоим образом не является черепом человека третичного периода". Некоторые заявления в поддержку этого высказывания исходят от людей, которые обследовали галечную материнскую породу и почву, в которой был обнаружен калаверасский череп. Д-р Ф. У. Патнэм из Пибодского музея естественной истории Гарвардского университета заявил, что на черепе не наблюдается каких-либо следов находящегося в шахте гравия. Уильям Дж. Синклер из Калифорнийского университета, проведя изучение 'черепа, заявил, что на нем нет следов золотоносного гравия из шахты. Он счел, что на нем были следы материала из пещер, в которых индейцы иногда оставляют усопших соплеменников.
С другой стороны, Холмс сообщал: "Д-р Д. X. Долл (D. Н. Dall), находясь в Сан-Франциско в 1866 году, сделал сравнительный анализ материала, приставшего к черепу, и гравия из известной шахты, в результате чего подтвердилась их идентичность по основным параметрам". В статье, опубликованной в 1882 году в журнале American Naturalist, У. О. Айрес (W. О. Ayres) отметил следующее: "Я увидел и внимательно осмотрел найденный образец сразу же после того, как он оказался у профессора Уитни. Корка из песка и пыли гравия покрывала не только его внешнюю поверхность. Тот же материал заполнял и внутренние части черепа; и этот материал был особого рода. Того самого, который я имел возможность тщательно изучить". Айрес сказал, что это был самый настоящий золотоносный гравий, извлекаемый из глубоких шахт. И конечно же, он никак не мог принадлежать к недавним отложениям ритуальных пещер.
Говоря о черепе, Айрес отметил: "Утверждают, что это череп недавно умершего человека, который покрылся коркой, пролежав в земле в течение нескольких лет. Однако этого не утверждает ни один человек из тех, кто знает данный район. Гравий никак не может способствовать образованию подобного покрытия. ...Черепные полости были заполнены затвердевшим песчаным материалом. Это могло произойти лишь тогда, когда этот материал находился в полужидком состоянии, чего не было со времен отложения первых слоев гравия".