Окончив Амстердамский университет по курсу медицины и естественной истории, в 1886 году Дюбуа становится преподавателем анатомии в Королевской средней школе. Но его настоящей любовью остается эволюция. Дюбуа знал, что оппоненты Дарвина постоянно ссылались на почти полное отсутствие ископаемых свидетельств в пользу эволюции человека. Он внимательно изучил основное и единственно доступное в то время свидетельство - неандертальские образцы. Большинству научных авторитетов, в том числе и Томасу Хаксли, они казались слишком близкими к скелету современного человека, чтобы считаться промежуточным звеном между ископаемыми обезьянами и человеком современного типа. Однако немецкий ученый Эрнст Хэкель (Ernst Haeckel) предсказывал, что кости представителя недостающего звена в конечном итоге будут обнаружены. Он даже заказал портрет существа, которого назвал Pithecanlhropus (по-гречески pitheco - обезьяна, anthropus - человек). Под впечатлением изображения питекантропа Дюбуа решил когда-нибудь отыскать кости человека-обезьяны.
Исходя из предположения Дарвина, что предки современного человека должны были обитать └в каком-либо лесистом месте с теплым климатом⌠, Дюбуа надеялся отыскать костные останки питекантропа в Африке или Восточной Индии. Путешествие в находившуюся в то время под голландским владычеством Восточную Индию представлялось более простой задачей, поэтому он и решил начать свои поиски именно там. Дюбуа обратился к правительству и частным лицам за финансовой помощью в организации научной экспедиции, но получил отказ. После этого он принял решение поехать на Суматру в качестве военного хирурга. И к удивлению своих друзей, которые усомнились, было, в его психическом здоровье, он бросает теплое местечко преподавателя колледжа и вместе с молодой женой в декабре 1887 года отплывает в Восточную Индию на паруснике └Princess Ата-Не⌠.
В 1888 году Дюбуа оказался в расположении небольшого военного госпиталя в центральной части Суматры. В свободное от работы время он исследовал за свой счет пещеры Суматры, обнаружив кости носорога и слона и зубы орангутана. Однако поиски останков человекообразных не увенчались успехом.
После перенесенного в 1890 году приступа малярии Дюбуа оказался в резерве и был переведен с Суматры на Яву, где климат более сухой и здоровый. Он и его жена обосновались в Тулунгагунге, на юго-восточном побережье острова.
Во время сухого сезона 1891 года Дюбуа предпринял раскопки на берегу реки Соло Ривер (Solo River), в центральной части острова, неподалеку от деревни Тринил (Trinil). Привлеченные к раскопкам рабочие вынули из земли большое количество костей различных животных. В сентябре им удалось обнаружить особенно интересный экземпляр - зуб примата, по всей вероятности третий верхний коренной справа, или зуб мудрости. Дюбуа, уверенный, что ему удалось наткнуться на останки вымершего гигантского шимпанзе, приказал рабочим сконцентрировать поиски именно в этом месте. В октябре они нашли нечто по внешнему виду напоминающее панцирь черепахи. Но после того как Дюбуа исследовал находку более внимательно, выяснилось, что речь идет о верхней части черепной коробки (рис. 8.1), окаменелой и имеющей цвет вулканического песка. Наиболее характерной чертой находки были мощные, выступающие вперед надбровные дуги, что привело Дюбуа к мысли, что найденный череп принадлежал обезьяне.