мне кажется что это не очень связано с разницей "легализация - апостиль".
При легализации консульство страны назначения документа (например если Вы легализовали украинское СОР для брака в Германии,
то страна выдачи документа - Украина, а страна назначения - Германия) заверяет его подлинность своим штампом. Для этого в
консульстве были образцы печатей и подписей. Поскольку ЗАГСов в Украине тысячи и раздавать образцы их печатей и подписей
всем заинтересованным кон-вам (а также информировать их об изменениях) не реально, большинство стран ввело промежуточный
шаг в виде заверения в МИДе, МинЮсте, и т.п. Таким образом немецкое консульство сверяло печать МИД-а и подпись его сотрудника.
Я подозреваю, что образцов печатей и подписей МинЮста в нем. кон-ве просто не было, поэтому и приходилось заверять
печать ЗАГСа в МинЮсте (они вроде туда или к МИД-у относятся?), а потом перезаверять МинЮстовскую печать в МИДе.
Бюрократия в чистом виде.
В случае апостиля консульство страны назначения никакого отношения к заверению уже не имеет, а страна
выдачи документа сама решает какое учреждение ставит апостиль на какие документы.