То есть, разрешение на выезд на ПМЖ Вам уже пришло из консульства? Если так, решить вопрос со сдачей паспорта можно, в принципе, в любом отделении Государственной миграционной службы Украины, в крайнем случае - в отделении ГМСУ для крымчан.

Нет только. Похожий по сути случай уже рассматривал VG Aachen. Там у гражданина Украины также были паспортные проблемы, на основании чего его натурализовали без выхода из гражданства Украины. Правда, основным аргументом в пользу истца тогда была невозможность длительного пребывания за пределами Германии, необходимого для оформления паспорта в Украине, что возимело бы негативное влияние на его учёбу в Германии. Несмотря на это, в любом случае продолжайте регулярно обращаться в консульство, причём не электронной, а обычной почтой и - самое главное - заказнымии письмами, сохраняя квитанции о доставке. Если же в течении 2,5 лет вопрос с окончательным оформлением ПМЖ и выходом из гражданства решить не получится, Вам также могут разрешить оставить гражданство Украины.
Кстати, Ваше ЕВН ничего не говорило насчёт наличия у Вас гражданства РФ?