Просто опишите свою ситуацию ещё раз с указанием релевантных дат принятия решения о выдаче Вам разрешения на выезд на ПМЖ и сдачи внутренних паспортов в консульство. Попросите сообщить Вам о том, были ли приняты консульством и Министерством иностранных дел Украины все необходимые меры для удовлетворения Вашего ходатайства о выдаче Вам разрешения на выезд на ПМЖ за границу, в том числе был ли передан Ваш паспорт гражданина Украины в Государственную миграционную службу Украины, и если да, то когда. Попросите прислать Вам ответ в письменном виде заказным письмом по Вашему месту жительства в Германии, напомнив, что срок рассмотрения заявления согласно ст. 20 закона Украины "Об обращении граждан" составляет не более месяца, а в случае, если рассмотрение заявления требует дополнительного изучения вопроса - не более 45 дней (в таком случае консульство обязано Вас уведомить о необходимости более длительного рассмотрения заявления). Укажите, что в случае неполучения ответа в указанный срок Вы вынуждены будете обратиться с жалобой в МИД и иском о защите прав в суд.
К письму приложите конверт с Вашим обратным адресом, маркированным маркой Einschreiben (минимум 2,77 евро). Само письмо желательно предъявить, подписать и поместить в конверт в присутствии сотрудника ЕВН, который занимается Вашим заявлением о натурализации (кстати, об этом также можно упомянуть в самом письме консульству).
Ну а после этого ждать ответа и держать нас в курсе
*UPD*
Заявление следует писать, разумеется, на имя генконсула.