1) на ПМЖ в миграционной службе в районе своей прописки подается?

Теоретически можно в любом отделении, но на практике отправят по зарегистрированному месту жительства.

И как именно им ситуацию объяснить?

Ничего Вы объяснять не обязаны.

2) В консульстве надо как то предупреждать, что хочу выезд на ПМЖ сам поехать поставить?

Ни о чём Вы предупреждать не обязаны.

3) Какая плюсы и минусы, если вообще всю эту муру и мозготрепство закинуть и жить молча по своему NE ещё лет 10 или всю жизнь, продливая только загранпаспорт?

Оформление украинского разрешения на ПМЖ за границей является обязательным только для последующего выхода из гражданства Украины, в остальных случаях оно таковым не является.

И как именно им ситуацию объяснить? - что уже уехал на ПМЖ, живу там 3 года, зайти к ним забыл (или не знал) и хочу теперь штемпель, или молчать что уже живу в Германии и хочу теперь печать выезд на ПМЖ? Как лучше всю историю преподнести?

А также не становится ни на какие учеты в консульство, не заморачиваться что нет печати выезда на ПМЖ и т.д.? ... даже если сейчас укр. консульство ответит "как вы такой нехороший не зарегистрировались у нас, срочно приезжайте, а не то...."

Если не секрет, Вам больше 25 лет? Так как размышляете Вы как человек, который долгое время прожил в СССР. Нету уже ни его, ни КГБ, забудьте.