Сейчас же паспорта детям с 14 лет выдают?

Да.

Я не юрист, но создаётся впечатление, что если раньше при выезде на ПМЖ паспорт уничтожали, то теперь ставят печать (вносят в ID чип изменения).

Ваше впечатление верно.

И теперь 14-летним всем надо оформлять внутренний паспорт.

Всем, кроме тех, у кого уже оформлено разрешение на выезд на ПМЖ за границу Украины.

Гипотетический пример: ребёнок 13 лет имеет в загране штамп убытия на ПМЖ. На ПКУ не становился (для обострения примера). Приехал в 17 лет в гости к бабушке в Украину на две недели. Заодно решил сделать себе новый загран, идёт в Миграционную службу (ОВИР?) или Документ-сервис. Ему оформят загран, или предпишут сначала сделать внутренний паспорт?

Оформят только в следующем случае:

Подання документів для оформлення (у тому числі замість втраченого або викраденого), обміну паспорта для виїзду за кордон здійснюється лише до територіального органу або територіального підрозділу ДМС у разі:
втрати або викрадення паспорта для виїзду за кордон, або виникнення обставин (подій), у зв’язку з якими він підлягає обміну, під час перебування в Україні особи, яка постійно проживає за кордоном;