Если через 30 дней после выхода указа я не сдам паспорт и буду находится на территории США, смогу ли я вернуться без проблем в Германию, если мы будем лететь через Лондон в Амстердам?

На этот вопрос нет однозначного ответа. Как Вы наверняка знаете, в США нет контроля на выезде, т.е. там все без вопросов. Вы границу Шенгена будете пересекать в Голландии (в Лондоне транзит, правильно)? Не должно быть проблем. Поскольку очень врядли Украина успеет передать так быстро информацию о недействительности Вашего паспорта (в международную базу Интерпола, как тут некоторые форумчан предполагают). Но повторюсь, точного ответа Вам не даст никто, на форуме есть два радикально противоположных мнения по этому поводу. И Вам сейчас начнут рассказывать «страшилки».

Я бы не рекомендовала выходить сильно. В любом случае возьмите свой Einbürgerungszusicherung (на границе Германии Вас бы с ним на 99% пропустили, при объяснении ситуации, с Голландией сложней).

Из личного опыта: я летала в этом году именно в США (июль 2018), и несмотря на то, что комиссия была в мае и все ожидали указа самое позднее к началу июня, свои планы не меняла бы в любом случае. О чем нисколько не пожалела) И Вам не советую overthinking - не будет указа к дате Вашего вылета - летите спокойно.

Нужно ли будет платить штраф в посольство, если я сдам паспорт через 30 дней после указа?

Нет.