»отправлены обратно в МИД для устранения недостатков в обработке" (судя по форуму, довольно редкий случай

Да нет, это бывает. Если комиссия будет в ближайшее время, могут не успеть подготовить доки Ваших троих членов семьи. Но хотелось бы верить, что все-таки выйдете вместе)

заканчивался срок действия украинского заграничного паспорта?

По поводу паспорта - можете поменять в любой момент до подписания указа. Если есть необходимость путешествовать в ближайшее время - можно попытаться. Если нет, учитывая сроки изготовления новых паспортов и то, что Вы должны попасть в комиссию - смотрите сами, вполне может быть, что паспорт Вы закажете, но он Вам уже не понадобится.

Если было, то каковы были действия и/или реакция немецких властей?

Немецким властям Ваш паспорт не нужен. Вам его все равно придётся отдать в консульство для получения справки о выходе из гражданства. Они (немецкие власти) его даже не увидят)