Давайте по порядку

Если фамилия-имя в переводе указаны в том числе в ISO, то в Einbürgerungsurkunde они внесены именно в ISO?

В разных Землях по разному. У нас внесли в Einbürgerunsurkunde в ISO . Но была возможность до оформления Einbürgerunsurkunde все сменить в Standesamt и получит запись в Urkunde так как уже надо . С измененным именем , фамилией и без отчества. В некоторых землях пишут как в паспорте но с добавлением отчества. Узнавайте у себя в Земле как у Вас пишут. Кто не успел и не поменял написали в ISO с заменой букв " неадекватных немецкому " + Отчество

• Если упороться не менять фамилию-имя и не отказываться от отчества, то как это выглядит тогда в паспорте/аусвайсе: в виде ISO или все-таки оригинальное написание (по паспорту) + отчество?

Если ничего не меняете получите как в паспорте и с отчеством либо если ISO правописание не содержит типа знаков заменяющих букву "ч", например на "с" с птичкой вверху как у чехов и.т. п или " апостроф" вместо мягкого знака , то поучите ISO запись . Все зависит как URKUNDE будет выписано .

• Предположим, нет желания менять ФИО сразу, но есть желание как-нибудь потом - остается ли эта опция на будущее?

Можете в данный момент ничего не делать вообще . Но если Вам нужен Reisepass ,то Вам в нем так и напишут типа Nikolaenko Petro Mychailowitsch

Ничего не делать = это значит не делать частично никаких движений вообще. Вам разрешается один раз что - то сделать с фамилией именем и отчеством .

Если Вы пойдете в Standesamt и скажете, что вот только от отчества хочу отказаться , то потом сменить что - то в фамилии и имени будет невозможно . Принцип такой. Или все сразу делать что Вы надумали . Или это все сразу перенести на потом . Опция делать все потом есть . Но Вы будете два раза платить за немецкие документы. Один раз до изменения . второй раз после , Смысл ? Ну и не забывайте то что писала cleora . Вот это замеенчание на счет того когда муж носитель фамилии в браке меняет , а жена остается гражданкой Украины и не меняет фамилию .( Если фамилия видоизменяется мужем, то спрашивают супругу ... )