- нужно ли менять, например, “довідку дитини щодо реєстрації громадянином України”? И загранпаспорт украинский, или там можно всё оставить как есть?

Нет. Украина в упор не будет видеть ее остальных гражданств, кроме украинского. Поэтому ничего Вам не поменяет - ни паспорт, ни эти самые довидкы.

- какие документы потом придется менять для дочки в Украине? То есть не может же она в Украине остаться Смирнова, а в Германии быть записана как Смирнов?

Никаких. Она и останется с этой фамилией на Украине, см. выше объяснение. Женское имя и мужская фамилия - забавный тандем, конечно

- при этом дочка родилась уже в Германии, и получается, что при смене фамилии ей будет выдано новое свидетельство о рождении в Германии с фамилией Смирнов. И его по идее нужно предоставить в консульство Украины?

Да, будет выдано новое. Консульству по барабану, см. выше объяснение.

- так же не совсем ясно, если при получении немецкого гражданства отказаться от отчества, то об этом нужно как-то уведомить консульство Украины?

Консульству по барабану, см. выше объяснение.