Давайте разделим Ваш вопрос на 4:
1. выезд детей из ДЕ
2. вьезд детей в УА
3. выезд детей из УА
4. вьезд детей в ДЕ
по поводу п. 2: гражданам Украины не может быть отказано во вьезде в Украину
(то ли Конституция то ли закон о вьезде, точно не помню). В любом случае
если дети будут вписаны в Ваш загранпаспорт, то проблем не будет
по пункту 3: здесь действуют правила http://zakon.rada.gov.ua/cgi-bin/laws/main.cgi?nreg=57-95-%EF
Насколько я могу судить к Вам применим пункт 2.2.2 второй абзац:
2-2. Виїзд за межі України громадян, які не досягли 16-річного віку, у супроводі одного з батьків або у супроводі
осіб, які уповноважені одним з батьків за нотаріально посвідченою згодою, здійснюється:
1) за нотаріально посвідченою згодою другого з батьків ...
2) без нотаріально посвідченої згоди другого з батьків:
...
коли у паспорті громадянина України для виїзду за кордон, з
яким прямує громадянин, який не досяг 16-річного віку, або
проїзному документі дитини є відповідний запис про вибуття на
постійне місце проживання за межі України чи відмітка про взяття
на консульський облік в дипломатичному представництві України за
кордоном;
...
Для выезда из ДЕ и вьезда можно получить немецкий Reisepass (или Kinderreisepass я не знаю как он точно называется)