При выезде из России вас попросят показать немецкий паспорт только при регистрации на рейс работники аэропорта (если самолетом лететь), и то поинтересуются с целью узнать, как вы хотите попасть в Германию без визы. А паспортный контроль при выезде из России проводят Российские пограничники,и их интересует только Российский загранпаспорт.Они на ваш немецкий паспорт и смотреть не будут. Там в паспорт РФ поставят печать о выезде из России.

А нам в Германии никаких штампов не ставят. Мы просто показываем свой Райзепасс и этим доказываем законное право въехать в Шенген.
При обратном выезде в Германии показываем немецким пограничникам немецкий паспорт, российский их не интересует. А по прибытии в Россию показываем российский и нам ставят печать о въезде в Россию. И ни у кого вопросов не возникает при возвращении в Россию, где был человек, когда покинул РФ.
Штампы о прибытии в паспортах РФ в Германии (или другой стране) ставят с целью фиксации дней пребывания например в зоне Шенгена (виза же имеет срок пребывания).