Пришёл ответ из бундесархива
1. Да, если будете вести линию от бабушки, от документов деда отправляете только СОБ бабушки с дедом.
2. Справки о внесенных изменениях нужны, если отправляете дубликаты документов, если документы первичные -- они не нужны.
3. При отправке документов на установление гражданства ваша национальность в документах роли не играет. Апостилировать нужно только загсовские документы, полученные уже в постсоветское врем (несоветского образца). Когда бы вы документы не отправили, раньше, чем отправите все необходимое, документ о гражданстве не получите. Поэтому сразу отправлять все или частями -- решать только вам. Получится ли сэкономить время, отправляя документы частями, -- не знаю. На проставлении апостилей сэкономите деньги, конечно. Сама возможность отправлять сразу не все документы есть. Можете хоть просто антраг вообще без документов отправить.