А зачем Вы везде пишете entfällt?

В п.5 - про источник получения немецкого гражданства через происхождение … если указываю "от отца" -
ниже идет одним из пунктов "натурализация" - правильно понимаю, что это к отцу и ко мне не относится,а только к бабушке? Поэтому там омечать ничего не надо?

Вы и отец -- Abstammung, бабушка -- натурализация.

В п.6. внизу, где вопрос от программе поздних переселенцев - если дело еще в работе (нет приглашения),
надо ли указать номер декущего дела? Или ставить "nein"?

Дык, именно для этого там это поле и есть -- чтобы можно было поднять документы из старого или текущего дела. Возможно, обойдетесь без повторной пересылки документов.

Надо ли указать, что у отца оно есть, раз я подаю в соотвествии с условиями Закона о гражданстве и считаю, что оно у него и у меня есть?

Ну, да.

Или тут имеется ввиду подтвержденный факт владения гражданством Германии помимо его установления?

Для этого пишут bitte Nachweis beifügen. Как это подтверждать в Вашем случае -- вероятно, через сопроводительное письмо.