Вы в другой теме спрашивали, за что штоербератору деньги платить? Вот за это, чтобы вам на ваши ошибки указать и перед катастрофой уберечь. Но все равно не понятно, имея бераторшу, почему вы тут спрашиваете. Ситуация ваша в двух словах следующая:

Выбирать между КУ и нормальным предпринимателем можно и нужно. Только у вас получился гибрид. Ваша бераторша и спрашивает, кем вы хотитет быть? Если вы хотите в 2017 быть нормальным предпринимателем, то вам придется в ФА доплатитить НДС с счетов 1-13. Возможно ли будет вернуть НДС от клиентов, это вам должно быть виднее. Если вы остаетесь КУ, то вам ничего доплачивать ненадо будет. Счета, выставленные с НДС-это неправильно, но вы же полученный НДС государству отдали. Проблемы могут возникнуть позже, когда к фирме-клиенту, с которым вы работаете проверка придет и обнаружит, что вы 2017 КУ были и при этом НДС в счета выставляли. Поэтому этот НДС, который они получили обратно, теперь вернуть надо. Ну они тогда к Вам побегут. Но это все вы должны с бераторшей обсудить, что вам лучше.