Оплата обучения проводилась предоплатой на весь срок обучения в 2016 одним траншем.

всё пойдёт в 2016 год. Не забудьте i другие рашоды на обучение учесть.

Я когда вношу стоимость обучения в Aldi Steuer от 2016 года - мне показывает Erstattung - 0, несмотря на списываемые 6000 (отображает). Если есть возможность укажите пожалуйста скриншотом из похожих программ, как это правильно сделать.

А какой Erstattung вы хотите получить от заплаченных в 2016 году нуля налогов? Вот в 2018 налоги платили, тогда с учётом ферлюстфортрага уменьшите налогооблагаемую базу и получите что-то назад. Скриншота не будет, звиняйте.

Или Финанцамт сам учтет, что подано в 2016 и 2017?

сам учтёт. Я бы подавала 2018 после получения бешайда за предыдущие годы. Я бы написала к 2016 году сопроводиловку, что это ворвеггеноммене вербунгскостен к работе, полученной в результате мастерштудиума в 2018 году. Указала бы, что первое образование было уже получено и это цвайтштудиум. Всё, что ФА понадобится, они затребуют.

Вам, чтобы прикинуть возврат за 2018 год, внесите ваш ферлюст за прошлые годы, но при отсылке в ФА снова уберите, им это не нужно.