Не удивлюсь. если такая внутрення инструкция существует. С печатями, штампами, подписями.

Ну в украинском законодательстве, конечно, всё возможно, но с точки зрения закона такая инструкция никчемна, что должно быть установлено самое позжее в суде (если до него дойдёт, разумеется).

В нем написано, кто определяет наличие гражданства?

Зависит от того, куда было подано соответствующее заявление: миграционная служба либо консульство-МИД-миграционная служба. Окончательное решение и справку выдаёт тот орган, который принял заявление.

Паспорт же получили добровольно?

Не смешивайте в кучу паспорт и гражданство. Паспорт - вещь производная от гражданства. Обязанность иметь паспорт установлена законодательством соответствующего государства, гражданином которого является это лицо; не оформить паспорт означает нарушить законодательство этого государства. Впрочем, это не важно, т.к. в контексте данной дискуссии речь идёт именно о добровольном приобретении гражданства, а не оформлении паспортов.