У нас была похожая ситуация ( сын в 17 лет выписался на ПМЖ и приехал в Германию за пару месяцев до 16 лет) . Только странно, что ID карту вы ему не сделали, в Украине же сейчас с 14 лет паспорт выдают. Я бы сделала так

*Сделать сыну украинский паспорт ( пока есть там прописка) Это только в Украине.

*Заодно сделать загран второй можно, т.К. я понимаю что его паспорт на 4 года только был выдан? НЕ новый а именно второй! Это важно потому что в Германии документы выдают по сроку паспорта. В Украине и дешевле и быстрее будет ( мы в Германии делали)

*подать в консульстве в Германии заявление на ПМЖ и после одобрения

* выписка с места жительства через военкомат. А это только лично надо быть в военкомате. Выписка возможна по доверенности, но только с одобрения военкома! Мой сын тоже не был на учёте в военкомате. Но с 17 лет выписка возможна только через военкомат. И пришлось ехать и нам повезло, военком просто вошёл в положение ( без благодарностей!!!). Но по хорошему он сказал чтобы его снять с учета, он должен встать на учет! А для этого пройти всю процедуру через медкомиссию и т.д. Это реально абсурдно. Он пытался дозвониться начальству, но не смог дозвониться. И сказал, идите с миром ))) В ЦНАПе выписали буквально за час. После одобрения на ПМЖ у вас будет 6 месяцев на процедуру выписки. Надеюсь и вам повезет!

*С этой бумагой из ЦНАПа в консульство и ставят печать ПМЖ. ВСё