Вам уже дали несколько ответов на Ваши вопросы. Напишу и я свое видение ситуации.

Моя прабабушка и прадедушка - немцы, жившие на территории ныне Донецкой области, в 1941 году были депортированы с детьми в Казахстан.

Если это так, то должны быть документы, подтверждающие этот факт. Поволжских немцев всех департировали в 1941 году в отдаленные места СССР. А вот удалось ли властям СССР это сделать с немцами из Донбасса? Украина ведь сразу была оккупирована немцами?!

Я нашла номера EWZ и 4 дня назад оправила запрос в национальный архив США.

Номер EWZ не является достоверным фактом, что натурализация прошла.

Из достоверной информации - прабабушка никогда не была где-то кроме Украины и Казахстана, полагаю она не получала гражданства, правильно я понимаю что для натурализации надо было выехать в Германию или польшу?
Моя линия такая: Прабабушка и прадедушка 1901 г.р. (соров нет, найти не возможно - пыталась, EWZ у обоих), моя бабушка 1938 г.р. (номер EWZ есть, но на момент подачи заявления была ребенком, на нее есть все документы), моя мать 1964 года (родилась в августе 1964, родители расписались в сентябре 1964, но в СОРе отец указан - русский), дальше иду я 1988 г.р.(мать немка, отец украинец, ).

Из достоверной информации - какой?

Переселение немцев во время Второй мировой войны происходило по тому же принципу, как и сейчас. Нужно было прибыть в Германию (Польшу). Тогда это были Umsiedler. Может быть в случае с Вашей прабабушкой имеет место пресловутый искомый всеми Список немцев Украины? Я не сильна в этом вопросе, т.к. мои родители переселялись в 1944 году в Вартегау из Транснистрии.

Для передачи гражданства национальность не играет никакой роли. Если бы у Вашей бабушки было гражданство Германии, то Вашей маме она бы его передала, т.к. мама родилась вне брака.

Свою немецкую линию Вам лучше подтверждать для переселения по линии ПП (поздние переселенцы), Если Вам это нужно.