Определенное стремление к аскетической жизни, зародившееся, вероятно, еще в Макарьевой обители, у Никона было. Но богатырский организм будущего Патриарха приходилось укрощать с большим трудом. Высокий, сильный и выносливый мужчина, Никон принял на себя невероятно тяжелый подвиг и впоследствии от других требовал того же. Жизнь на диком северном острове была очень трудной, в Анзерском скиту был принят очень строгий устав (здесь, например, было запрещено вкушать даже рыбу). Никон же еще более усугубил свой подвиг тем, что помимо келейного скитского правила ежедневно прочитывал Псалтирь и клал по тысяче поклонов. Этот богатырский размах Никона сохранит и позднее, хотя его борьба с плотью примет со временем иные формы: известно, что, став Патриархом, он носил расшитый золотом и камнями саккос весом около 4 пудов, а омофор - весом около полутора пудов. И все же могучий организм было трудно укротить. Келейник и биограф Никона Шушерин писал, что в это время будущий Первосвятитель терпел сильные искушения. В то же время у Никона будто бы начались и какие-то видения.
Никон впервые оказался при дворе, когда преподобный Елеазар Анзерский взял его с собой в поездку в Москву, к царю Михаилу. По молитвам св. Елеазара Анзерского у Михаила Феодоровича родился долгожданный сын и наследник - будущий царь Алексей Михайлович. Благодарный государь пожертвовал средства для возведения на Анзере каменного храма. Деятельный и энергичный Никон спешил с постройкой, но простой нестяжательный Елеазар считал это роскошью и не торопился. Произошла ссора, весьма показательная для характеристики Никона: видно, сколь неуравновешенным был будущий Патриарх и как еще далеко было ему до монашеского бесстрастия. Вполне материальное по сути своей дело стало причиной его полного разрыва с духовным отцом.
Рассорившись с Елеазаром, Никон убежал с Анзера. Он поплыл на материк, но лодка его попала в бурю. Будущий Патриарх едва не погиб. Судно прибило к небольшому, скалистому Кий-острову близ устья Онеги. Благодарный Богу за спасение Никон воздвиг здесь поклонный крест, а позднее, когда стал Патриархом, устроил на острове свой ставропигиальный монастырь - Крестовоздвиженский Кий-островский. Добравшись до материка, Никон пришел в Кожеезерскую обитель на озере Коже, затерянную в далекой северной глухомани. Через 3 года братия избрали Никона игуменом Кожеезерского монастыря.
В 1646 г. Кожеезерский игумен прибыл по делам монастыря в Москву. Здесь он был представлен молодому царю и так его обаял, что Алексей Михайлович определил его архимандритом в придворный Новоспасский монастырь. При новом архимандрите обитель была богато отстроена на щедрые царские пожертвования. Никоновские постройки и доныне украшают Новоспасский монастырь.
Между царем и Никоном складываются весьма дружественные отношения. Никон стал принимать челобитные и передавать их Алексею Михаловичу во время встреч, проходивших в дворцовой церкви каждую пятницу. За протекций к архимандриту стали обращаться даже бояре. Влияние Никона стремительно росло и вскоре стало огромным. Он вошел в кружок "ревнителей благочестия" (или ╚боголюбцев╩) и быстро заслонил собой других его деятелей. Вероятно, уже тогда в отношениях между Никоном и протопопами-╚ревнителями╩, будущими вождями раскола, пролегла первая трещина.
Никон получил в Москве известность как одаренный и красноречивый оратор. Систематического образования он не получил, и кроме обыкновенной монастырской школы ничего за своей спиной не имел. Однако он был начитан, имел быстрый, светлый ум, который позволял ему решать церковные, а позднее √ и государственные, вопросы. При этом Никон руководствовался в своей деятельности колоссальным масштабом и проявлял захватывающую своей неукротимостью энергию. Не удивительно, что он стал пользоваться исключительно высоким доверием у государя.
В 1649 г., после трех лет настоятельства в Новоспасском монастыре, Никон по желанию царя Алексея Михайловича становится митрополитом Новгородским. Находясь на Новгородской кафедре, он получил совершенно особые полномочия, причем, не только церковного, но и государственного порядка. Это в значительной степени повлияло на формирование той магистральной линии в его мировоззрении, которую он будет пытаться претворить в жизнь, находясь на Патриаршестве: превосходства священства над царством. 1649 г. был годом принятия нового Уложения, которое существенно ограничивало юридические и имущественные права Церкви. Но митрополит Никон получил от царя право продолжать судить в своей епархии духовенство и церковных людей своим судом не только по делам духовным, но и по гражданским. Более того, митрополит получил столь же исключительное право надзирать за гражданским судом во всей Новгородской земле. Причем, это была не просто почетная привилегия: Никон этим правом активно пользовался, строго контролируя деятельность воеводского суда. Это снискало ему в Новгороде большую популярность среди простого народа, которая стала еще большей в связи с обширной благотворительной деятельностью митрополита. Никон учредил в своей обширной епархии богадельни, кормил неимущих, погребал их на церковный кошт.
Правда, это не помешало новгородцам во время бунта изрядно намять бока митрополиту за то, что он укрыл в своем доме ненавистного царского воеводу князя Хилкова. Но Никон, невзирая на избиение, служил в храмах и призывал бунтовщиков одуматься и прекратить мятеж. Никон ходатайствовал за свою паству перед князем Хованским, присланным из Москвы во главе карательного войска, и помог кончить дело миром. За это его в равной мере возлюбили как миротворца и в Новгороде, и в Москве. Царь нередко приглашал своего любимца в Москву для совета. Приезжая в столицу, Никон весьма удивлял москвичей заведенным по киевскому образцу трехголосным пением своего хора. Однажды митрополит Новгородский удостоился похвалы от самого Патриарха Паисия Иерусалимского, что способствовало тому, что Никон стал активным приверженцем грекофильской партии.
Никон умело закреплял привязанность царя к себе и использовал её как в целях своего возвышения, так и ради проведения в жизнь своих теократических идей. Одно от другого Никон, в общем-то, не отделял: он чувствовал себя избранником, который призван возвеличить священство над царством.
Особые симпатии царя Никон вызвал своим проектом переноса в Успенский собор Кремля мощей трех Московский Первосвятителей, ранее погребенных в иных местах: св. Патриарха Ермогена - из Чудова монастыря, св. Патриарха Иова - из Старицы и, наконец, св. Митрополита Филиппа - из Соловецкого монастыря. Митрополит Новгородский лично возглавил поездку на Соловки за мощами святителя. Он же был автором текста грамоты, написанной от имени царя Алексея Михайловича с покаянием за грех своего "деда" - Ивана Грозного. Она содержала в себе уже совершенно явные нотки новой Никоновской теократической идеологии. Здесь, например, можно было встретить такие обращенные к святителю выражения: "преклоняю пред тобою сан мой царский", "преклоняю честь моего царства", "повергаю на умоление тебя всю мою власть" и т.д.
Во время поездки на Соловки проявилась и властная натура Никона. Сопровождавшие его бояре жаловались потом на Новгородского владыку, который, не жалея себя, и от них требовал нечеловеческих усилий в этом предприятии, заставлял выстаивать все службы, класть немереное количество поклонов и проч.
За время путешествия Никона на Соловки в Москве скончался Патриарх Иосиф. Никон вернулся в столицу уже практически как преемник почившего Первосвятителя, оставалось лишь формальное избрание. Никто не сомневался, что любимец царя станет новым Предстоятелем Русской Церкви. Правда, группа протопопов из кружка "ревнителей" (в их числе √ Иван Неронов, Аввакум Петров, Логгин, Даниил и прочие будущие вожди старообрядческого раскола), отпостившись целую седмицу, предложили на Патриаршество царского духовника Стефана Вонифатьева. Уже в этой затее проявились как личная неприязнь протопопов к Никону, так и амбициозность и властолюбие ╚боголюбцев╩, не желавших терять то руководящее положение в Церкви, которое они фактически узурпировали в Патриаршество оттесненного от дел Иосифа. Но Стефан отказался от чести избираться в Патриархи. Тем не менее, государь повелел составить список из 12 кандидатов, в числе которых, разумеется, был и Никон. И хотя прямых указаний от царя не поступало, участники Освященного Собора 22 июля 1652 г. выбрали на Патриаршество именно его, хорошо зная настроение Алексея Михайловича и желая ему угодить.
Однако почти сразу после избрания начались первые многообещающие неожиданности: Никон несколько раз отказывался прийти со своего Новгородского подворья в Успенский собор на торжественную церемонию наречения на Патриаршество, которая должна была проходить с участием царя. Наконец, Никона привели насильно. Он стал отказывался от Патриаршего сана, ссылаясь на свою якобы неспособность и неразумие. Такое поведение было, в общем-то, вполне традиционным. Столь же традиционно избранного Патриарха уговаривали принять власть над Церковью. Но далее Никон повел себя весьма необычно: он отказывался не ритуально троекратно, но столь решительно и долго, что в конце концов заставил царя просить, буквально молить ╚собинного друга╩ принять Патриаршество. В итоге случилось нечто из ряда вон выходящее: Алексей Михайлович встал на колени перед избранным Предстоятелем. Молодой царь настолько почитал Никона и хотел видеть его во главе Русской Церкви, что буквально кланялся в ноги Никону. Избранный Патриарх прослезился, увидев эту картину, но принял Патриаршество только после того, как царь обещал блюсти догматы и каноны Православия нерушимо и во всем слушаться его, Никона, как архипастыря и отца. Государь, бояре и Освященный Собор присягнули в том на Евангелии. И только тогда лишь Никон согласился стать Патриархом Московским и всея Руси. Причем, как сам Никон писал позднее, он будто бы предупреждал царя, что он согласен быть на Патриаршестве только три года, и если царь не будет у него в послушании, то он уйдет с Первосвятительской кафедры. Этим Никон впоследствии и объяснял свой уход из Москвы.
Уже в этом эпизоде с избранием на Патриаршество вполне проявилась та линия в идеологии Никона, которая стала для него наиболее значимой: возвышение священства над царством, усиление Патриаршества. Именно это, скорее всего, и было в жизни Никона главной целью, тогда как его знаменитые реформы явились лишь средством достижения того теократического идеала, к которому Никон стремился всем своим существом.
25 июля 1652 г. была совершена интронизация нового Патриарха, и 47-летний Никон (Минов) стал новым Предстоятелем Русской Церкви.