В 1907 году, поступив в Археологический институт, Стеллецкий поселился в Москве. А год спустя его заинтересовали ее средневековые тайники. Заниматься их изучением можно было лишь "под флагом" какого-либо научного общества. Игнатий Яковлевич вместе с единомышленниками создал комиссию "Старая Москва", Через два года в комиссии возникли разногласия. Большинство историков считало, что надо заниматься наземной Москвой. Пытаясь привлечь внимание ученых к подземным древностям, в 1911 году И. Я. Стеллецкий выступил с докладом "Подземная Россия" на XV Археологическом съезде в Новгороде. "Установив содержание понятия "подземная Россия" - всякого рода подземные сооружения не ритуального характера,- референт И. Я. Стеллецкий отметил обидное равнодушие археологов к такого рода монументальным памятникам русской старины ввиду особенно большой их научной ценности",- указывалось в "Трудах" съезда.
Увы, Игнатий Яковлевич не дождался поддержки археологов, а член комиссии "Старая Москва" И. К. Линдеман в ответном выступлении даже упрекнул докладчика в том, что тот "дерзает посылать археологов туда, куда раньше лишь каторжников посылали". Все это заставило Стеллецкого заняться созданием научного общества, которое должно было исследовать преимущественно подземные сооружения. И уже в феврале 1912 года во многих российских газетах было напечатано следующее сообщение:
"В Москве организовалось новое общество по исследованию памятников древности, ставящее своей задачей изучение подземной Москвы. В первую очередь обществом будут продолжены уже начатые раскопки в Кремле, на Девичьем поле, а затем начнется исследование Китай-города. По имеющимся у учредителей общества сведениям, сохранились подземные ходы в Богословском переулке, на Большой Дмитровке и под домом князей Юсуповых у Красных ворот. Последние годы вряд ли будут доступны для исследования ввиду отрицательного отношения домовладельцев к раскопкам...
Комиссия по исследованиям подземных сооружений при Московском обществе по исследованию древностей разрабатывает план так называемой "подземной Москвы". Древние подземные ходы в Москве образуют сеть, мало еще исследованную. Пока обнаружены подземные ходы между Новодевичьим монастырем и мануфактурой Гюбнера, под Донским монастырем, Голицынской больницей и Нескучным садом... Обнаружены еще и другие подземные ходы, по-видимому, стоящие отдельно от общей сети".
Председателем Комиссии по изучению подземной старины (таково ее правильное название) стал И. Я. Стеллецкий, товарищем председателя Е. А. Мансфельд, членами правления - С. А. Глазунов и Н. А. Александров. В "Положении о Комиссии..." говорилось, что она "ставит своей задачей выявление и изучение памятников подземной старины, то есть предметов первобытной и бытовой археологии, скрытых в недрах земли временем или волей человека. Но особенно комиссию интересуют всякого рода подземные сооружения, бытовые и военные, сохранившиеся в недрах территории России. В этом отношении во главу изучения ставятся комиссией связанные с подземными замковые и крепостные сооружения, валы, городища, курганы, всякого рода пещеры, погреба, ямины, оседания и провалы почвы, клады и сопутствующие им явления: кладоискательство и "магический жезл".
В первый год существования комиссия занималась только подземной Москвой. Поиски в архивах документов, в которых упоминались бы тайники, были почти безрезультатны. Военные и гражданские тайники являлись государственной либо фамильной тайной, и сведения о них никуда не заносились. Члены комиссии начали собирать предания, легенды, слухи, свидетельства очевидцев и проверять их. При этом нашли подземные галереи из Круглой (Многогранной) башни китайгородской стены, из Тайницкой башни Симонова монастыря, из бывшего дома князя Д. М. Пожарского. Затем были обследованы подвалы зданий XVI-XVIII веков, где обнаружились замурованные арки. Две из них, в церкви Гребневской Божией Матери и в доме Консистории, вскрыли. За замуровкой оказались ходы, накрепко забитые окаменевшей глиной и землей. Обследовать их можно было только после расчистки, для чего требовались немалые средства, но комиссия их не имела. Встреченные трудности не остановили энтузиастов. День за днем, вооруженные лишь свечами да заступами, эти люди проникали в заброшенные подземелья, и, как бы вознаграждая исследователей за труды, подземная Москва открывала свои тайны...