каким образом в консульстве выдают паспорта при наличии немецкого гражданства, если по закону вроде бы двойное гражданство не предусмотрено? Или я ошибаюсь?

Ошибаетесь. Если Вы не оформляли выхода из гражданства Украины, для Украины Вы являетесь исключительно гражданином Украины, независимо от наличия иных гражданств. Никто Вас штрафовать/садить в тюрьму/лишать гражданства Украины не будет.

стоИт ли в "qualifizierte Meldebescheinigung", кое требуется при подаче документов на обмен, при наличии нем. паспорта автоматически ещё и старое укр. гражданство

ПолучИте такой Meldebescheinigung - и узнаете

или об этом следует как-то специально просить, чтобы вписали?

Если оно там по каким-либо причинам не указано, а оно у Вас есть, Вам необходимо будет на это обратить внимае сотрудника Meldeamt'a и попросить указать наличие обоих гражданств.

Насколько я понимаю, если не будет такого "двойного" гражданства в Meldebescheinigung , то украинцы ничего менять не станут

Далеко не факт, что украинцы будут руководствоваться немецким Meldebescheinigung в этом вопросе. В Украине существует своя процедура проверки наличия гражданства, по украинским базам.